رفضت الكنائس المصرية الثلاث إنشاء جماعة "الإخوان المسيحيين"، ودعت للاتجاه إلى العمل المدنى، والبعد عن المسميات الدينية التي تزيد من الاحتقان وتضعف من مدنية الدولة.
وصرح الأنبا مرقس أسقف شبرا الخيمة أنه لا يعرف ما هى أهداف الجمعية ولماذا نشأت بهذا المسمى، مؤكدًا أنه يرفض إنشاء جماعة لمواجهة أخرى، ويرفض أي جماعات دينية تنشأ لأغراض سياسية، وأن دورها يجب أن يكون اجتماعيًا فقط، والكنيسة لا توافق على أمور تؤدي لزيادة الفرقة بين أبناء الوطن الواحد.
واضاف الدكتور القس أندرية زكى -نائب رئيس الطائفة الإنجيلية- أن إنشاء جماعة الإخوان المسيحيين على غرار الإخوان المسلمين هو "تقليد باهت"، لأن جماعة الإخوان ظهرت في ظل ظروف تاريخية معينة، ولكن ظهور جماعة مماثلة يؤدي إلى إشكالية، لأن تقسيم المجتمع على الأساس الطائفي يعد خطورة كبيرة، مثل جماعة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر، وهو ما يتطلب أن تقوم الدولة بدورها في تطبيق القانون دون ترك الأمر للأفراد أن يطبقوا القانون بيدهم.
ويتفق مع ذلك الأب رفيق جريش المتحدث باسم الكنيسة الكاثوليكية قائلاً: إن يتحول المجتمع بعدد ثورة 25 يناير إلى تقسيمات دينية لاسيما بعد حالة التفتيت والاستغلال الطائفى التي وقعت اثناء الانتخابات، وهو أمر بعيد كل البعد عن مبادئ الثورة التي تجسدت في ميدان التحرير، وقدمت مصر الجديدة، وأشار أنه من الأفضل الانخراط داخل مؤسسات المجتمع المدنية لتأسيس دولة مدنية حديثة تستوعب الجميع.
